Dəniz ticarəti hələ qədim zamanlardan Bakıda əsas fəaliyyətlərdən biri olsa da, rəsmi məlumatlara əsasən bu şəhərdə liman 1500-cü illərdə fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. 1564-cü ildə Səfəvi şahı I Təhmasibin fərmanı ilə Şeyx Zahid Bakı Limanının birinci naziri təyin edilmişdir.

1600-cü illərin sonunda hind tacirləri hazırda İran ərazisi hesab olunan Ərdəbil şəhərindən keçən yolla dövlətin əsas ticarət mərkəzləri olan Şamaxı və Bakı şəhərlərinə səyahət edirdilər. Bu şəhərlərin ətrafındakı qəsəbələrdə təxminən 200 hindli yaşayırdı. İpək, yağ, duz, balıq, atlar və zinət əşyaları kimi dəyərli sərvətlər onları bu regiona gətirib çıxarmışdı.

1600-cü illərin ortalarına aid sənədlərdə bir qrup hindli tacirin heyvan xəzi, mis və kürü kimi rus malları daşımaqla Şamaxı və Bakı şəhərlərinə gəldiyi barədə məlumatlar əks olunur. Bu şəhərlərdən Əfqanıstan vasitəsilə Hindistana və ya Fars Körfəzinə karvanlarla mallar daşınırdı.

17 sentyabr 1854-cü il tarixində rus çarı I Nikolayın fərmanı ilə Bakı limanı hərbi dəniz limanına çevrilmişdir. Həmin vaxtdan etibarən liman həm ticarət məntəqəsi, həm də dəniz müdafiəsini təmin edən hərbi mərkəz kimi fəaliyyət göstərmişdir. 1858-ci ildən limanda Rus İmperiyasının Xəzər Dənizi Donanması gəmiləri yerləşdirilməyə başlamışdır. Sahil sularının dərinliyi, əlverişli hava şəraiti və yaxınlıqdakı neft yataqları limanın hərbi dəniz bazası üçün ideal məkana çevrilməsini təmin etmişdir. Bakı 1859-cu ildə Şamaxıda baş vermiş dağıdıcı zəlzələdən sonra eyniadlı əyalətin mərkəzinə çevrilmişdir. Bakı quberniyasının əhalisi sürətlə artırdı. Sahildə daha böyük limanın və gömrük binasının fəaliyyət göstərməsinə imkan yaratmaq üçün orta əsrə aid sahilyanı istehkamlar 1861-ci ildə məhv edilmişdir.

Bakı şəhərində limanın tikintisinə XIX əsrin ortalarında Rusiya İmperiyası dövründə başlanılıb və o, 21 iyul 1902-ci il tarixində müstəqil liman kimi rəsmi olaraq fəaliyyətə başlayıb. Bu liman dünyanın aparıcı limanları sırasında yer alırdı və Rusiya İmperiyasında yük və sərnişin daşınması üzrə ən böyük liman idi. 1905-ci ilin statistik göstəricilərinə əsasən Bakı Limanı Rusiya İmperiyasının ən çox yük aşıran limanı olaraq qeydlərə düşmüşdür. Bu zaman, aşırılan yüklər 6 milyon ton olaraq liman ilk sırada yer alırdı. 1923-cü ildən 1924-cü ilə qədər liman vasitəsilə aparılan ticarət bütün Sovet İttifaqı üzrə göndərilən yüklərin ümumi həcminin 27,3% -ni təşkil edirdi. Bu, Bakını Xəzər dənizində SSRİ-nin aparıcı limanına çevirmişdir. 1963-cü ildə yeni bərə terminalı istifadəyə verilmiş, ardınca isə sərnişinlərə xidmət göstərmək məqsədilə körpü tikilmişdir. Bu layihələr 1972-ci ildə yeni sərnişin terminalı binasının tikintisi ilə başa çatdırılmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidenti İlham Əliyevin 18 mart 2015-ci il tarixli fərmanı ilə "Bakı Beynəlxalq Dəniz Ticarət Limanı" Qapalı Səhmdar Cəmiyyəti (QSC) yaradılmışdır. 14 may 2018-ci il tarixində cənab Prezidentin iştirakı ilə Ələt qəsəbəsindəki Bakı Limanının açılış mərasimi keçirildi. Xəzər dənizinin ən böyük limanının 13 körpüsü mövcuddur və il ərzində 100,000 TEU konteyner daxil olmaqla, 15 milyon tona qədər yük qəbul edilə bilər.

2018-ci ilin 8-11 may tarixlərində Avrasiya məkanında ilk dəfə 65 ölkəni təmsil edən 400-dən çox nümayəndənin iştirak etdiyi Dünya Limanlar Konfransı (IAPH 2018) Bakı Limanının təşəbbüsü ilə Azərbaycanda keçirilmişdir. Konfransın əsas mövzusu “Gələcəyin Limanları: hubların yaradılması, rabitənin sürətləndirilməsi” oldu.